No es un desfase del reloj. Tiene que ver con la conexión ADSL y el navegador.
Veamos. Cuando se conecta tu equipo al servidor que te da la hora, ahí pasan un tiempo, igualmente cuando el servidor te da el dato y el navegador lo muestra, pasa también un ligero lapso de tiempo. Por otra parte, si en lugar de mostrar la hora en el navegador, actualiza un reloj del sistema (yo tengo un "appet" de gnome en Ubuntu y en Debian GNU/Linux, que son los sistemas operativos que utilizo en casa, que me da la hora actualizada con un reloj atómico en todo momento, en Windows hay algo similar, pero no me voy a meter en temas Windows vs GNU/Linux que ahora no toca) ese reloj va por su cuenta, y la actualización es cada cierto tiempo, configurable, y el desfase es menor.
En conclusión, el reloj atómico da la hora exata, pero el ordenador la muestra -+0,5 segundos de diferencia, no 0,5 siempre, si no con esa precisión. Eso lo tengo comprobado.
En cambio, los relojes radiocontrolados, por un lado son relojes de cuarzo, que se actualizan cada cierto tiempo y sin pérdidas a la hora de la actualización, por lo que muestran la hora con más precisión y consistencia.