Creo que deberias sacar el coche de ese taller, mas pronto que tarde.
No creo que sepan de verdad lo que el coche tiene, mas bien parecen unos habituales cambiapiezas, se parecen mucho a nuestros conocidos cambiapilas
El ruido que comentas de caja y que al pisar el embrague se quita, tiene a priori toda pinta de un fallo del volante motor, tambien conocido como Bi-masa, Existen varias series defectuosas de diversos fabricantes y que afectan a varios fabricantes de automoviles alemanes, si tienes todos los mantenimientos pasados en tu concesionario oficial, yo me pondria en contacto con el servicio de atencion al cliente de BMW, a lo mejor cabria la posibilidad de una deferencia por parte de la marca.
Saludos